造成兒童便祕的常見病因主要有以下幾種：
①偏食、挑食等不良飲食習慣。有些兒童愛吃肉類食品、油炸食品以及加工精細的大米、白麪，不愛吃粗糧，不愛吃蔬菜、水果。有的孩子甚至雞鴨魚肉吃起來沒夠，青菜卻一點不動。這種飲食習慣能導致兒童膳食纖維攝取不足。膳食纖維在蔬菜、水果、粗糧和小麥、玉米、大豆等種子外皮中含量較多，在精米白麪中含量很少。魚類、肉類食品中沒有膳食纖維。
膳食纖維的一個重要生理功能是增加腸道內容物體積，刺激腸蠕動，促進糞便排出。
偏食、挑食造成膳食纖維缺乏，不能在腸道中形成足夠的食物殘渣，不能有效地刺激腸道蠕動促進糞便排出或促使神經系統產生排便反射，造成糞便在腸道中停留時間過長，水分被過度吸收而變成又乾又硬的糞團或糞塊，形成便祕。
②食品數量不合適。雞鴨魚肉或鹹的、不好消化的食品吃得過多，把胃腸道塞得滿滿當當，腸道無法正常運動，不能將糞便推向直腸排出體外可造成便祕。吃的東西過少，沒有足夠的食物殘渣刺激腸蠕動，使糞便在腸道中變幹變硬，也能造成便祕。
③不良排便習慣。如果兒童沒有養成每天定時排便的良好習慣就不能建立良好的排便反射條件，即使糞便已經被運送到直腸，大腦排便中樞不能透過神經系統傳遞排便信號，調動身體各有關部分將糞便及時排出，因而會造成便祕。有的孩子過於貪玩兒或精神完全集中在某件事上，“屎到屁股門兒”也不趕快去大便，大便被迫又返回結腸，在結腸停留期間被吸收部分水分後變得乾硬，造成便祕。
④精神因素。兒童由一個十分熟悉、完全適應的環境突然轉移到一個特別陌生、非常不適應的環境，會出現便祕現象。例如原來由父母在家照看的孩子剛開始上託兒所時就可能會便祕。兒童受到懲罰、驚嚇或精神高度緊張之後也會發生便祕。
⑤腸套疊、腸扭轉、腸道蛔蟲等因素造成腸道阻塞，腹部腫物擠壓腸道使腸道變窄，都會形成便祕。
⑥發燒、肥胖、營養不良等病症以及甲狀腺功能亢進、甲狀腺功能減低、糖尿病等疾病會造成兒童便祕。
⑦脫肛、肛裂以及巨結腸、直腸狹窄、肛門狹窄等肛腸疾患可導致便祕。
